Originalmente, o nome foi aplicado à península, mas geralmente se refere agora à própria cidade. Skagen começou a Idade Média como um vilarejo de pescadores, famoso por sua indústria de arenque. Com as suas paisagens, pescadores e a luz à noite, no fianl do século XIX, tornou´se popular com um grupo de artistas impressionistas, agora conhecido como os pintores de Skagen. Em 1879, foi criada a Associação de Pescadores de Skagen para facilitar o comércio da indústria de pesca local, que foi inaugurada em 1890. O moderno porto de Skagen iniciou suas operações em 20 de novembro de 1907 e com as ligações ferroviárias para Frederikshavn e para o resto da Dinamarca, o turismo começou a se desenvolver.
